En cuanto a sus logros deportivos, sus cotas máximas fueron tres terceras posiciones en la máxima categoría -en las temporadas 1934-35, 1935-36 y 1962-63-, dos semifinales de la Copa del Rey -en la edición de 1934 y la de 1946- y una Copa de la Liga de Segunda División -en 1985-, así como cinco campeonatos de Segunda División, uno de Segunda B y cuatro de Tercera. Como consecuencia del asesinato de Galán, los diálogos se interrumpieron del todo y el presidente declaró la guerra al narcotráfico de la misma manera que lo había hecho Betancur cinco años atrás. Ese mismo año (2011), y para evitar la quiebra, el club se había reconstituido en una sociedad anónima llamada Millonarios Fútbol Club, que sacó acciones a la venta y fue capitalizada, en la temporada 2011 clasificó a los cuartos de final del Apertura y Finalización pero quedó eliminado en semifinales. La siguiente década se caracteriza por la reconstitución del Club Deportivo Los Millonarios como Millonarios Fútbol Club, una sociedad anónima, con acciones a la venta que adquirieron varios hinchas. El escudo de Millonarios es el emblema oficial del club, el cual se emplea para identificar al club ‘embajador’. En esta instancia se enfrenta al equipo de La Equidad, con resultado de 1-1 en la ida, gol de Ayron del Valle y 2-1 en la vuelta, goles de Andrés Cadavid y David Macalister Silva, lo que le permite al equipo embajador el paso a la semifinal donde se enfrenta al América de Cali, ganando en Cali con marcador de 2-1, con anotaciones de Ayron del Valle y David Macalister Silva, y empatando 0-0 en Bogotá consiguiendo así el ansiado cupo a la gran final, la cual disputó con su eterno rival Independiente Santa Fe.
Millo tiene su primera aparición el 20 de agosto del 2000. Sin embargo, tampoco sería bien acogido, por lo que con el paso del tiempo terminaría desapareciendo. A pesar de que la prensa la iba a definir como la primera selección, el torneo en Cali no fue considerado una competencia oficial. En la reclasificación del año Millonarios quedaría quinto así jugaría la Copa Sudamericana 2007. Con la dirección de Juan Carlos Osorio en el Apertura 2007 luego de una buena campaña Millonarios clasifica en cuarto lugar y entra a semifinales donde lucha hasta el último partido del grupo donde cae frente al Atlético Huila que le quita el pase a la final. En los cuadrangulares queda ubicado en el Grupo A, junto con Deportivo Pasto, América de Cali y Unión Magdalena. Finalización 2007 Juan Carlos Osorio se marcha y llega Martin Lasarte quien deja al club en la última casilla del Finalización asume como Técnico Mario Vanemerak exjugador que finaliza en la casilla 11 en la liga y dirige al equipo que llega a las semifinales de la Copa Sudamericana 2007 después de una buena campaña en las series con Atlético Nacional, Colo Colo y São Paulo serían eliminados por el Club América de México.
Una de las más bonitas de la historia, con un degradado blanco y naranja que rompió con los esquemas establecidos. Roberto Ovelar intercepta una intención de pase de Carlos Cuesta en salida, y al ver que Fernando Monetti se encontraba adelantado decide tirarle un balón englobado que termina convirtiendo en el gol para la ventaja y posterior mi camiseta futbol victoria 2-1. Millonarios termina una mala racha de 7 años sin poder ganarle a Atlético Nacional en el Estadio Atanasio Girardot y además ganaría por primera vez en su historia el trofeo de la Superliga. Finalmente, el codiciado ascenso a la máxima categoría se logró en la temporada 1932-33, siendo por segunda vez en su historia el conjunto más goleador y menos goleado del campeonato. De la mano del técnico argentino Miguel Ángel Russo Millonarios culmina la fase regular del campeonato con 36 puntos producto de 10 victorias y 6 empates en 20 partidos disputados, lo cual colocó al club en la cuarta posición siendo sembrado como cabeza de serie en los cuartos de final.
Los Azules empiezan con dificultades esta fase definitiva del torneo: perdieron consecutivamente con Junior y Deportivo Pasto, obligando al equipo dirigido por el tolimense Hernán Torres a conseguir mínimo tres victorias en los cuatro encuentros restantes. En el plano competitivo, quedó el segundo clasificado, tres puntos por debajo del Moscardó y con un registro de cuatro victorias fuera de casa por diecinueve partidos. El partido de ida fue en Medellín finalizando en un esperanzador 0-0. El partido de vuelta se realizó en Bogotá en el cual Los Embajadores se fueron al entretiempo con una victoria obtenida en los minutos de reposición por un gol de Wilberto Cosme, pero al iniciar el segundo tiempo el Independiente Medellín logró el empate, lo que obligó a la definición desde el punto penal después de ser anulado un gol de Wason Renteria (Millonarios). Deportivo Independiente Medellín, al perder 2-1 en Medellín y empatar 2-2 en Bogotá. Grupo D, quedó primero superando a los equipos de Santa Fe, Centauros Villavicencio, La Equidad, Academia y Bogotá F. C., luego en octavos de final eliminó a Uniautónoma, en cuartos de final al Deportes Tolima, en la semifinal al Junior y en la gran final al Boyacá Chicó.